اصل باکتری کشی این است که در محدوده ای از دما، هر چه دمای پایین تر، باکتری ها آهسته تر تولید مثل می کنند. هر چه دمای بالاتر باشد، سریعتر تولید مثل می شود. اما اگر دمای آن خیلی بالا باشد، باکتری ها می میرند. باکتری های مختلف دارای قابلیت های متفاوتی برای انطباق با دمای رشد و مقاومت در برابر گرما و سرما هستند. پاستریزاسیون در واقع استفاده از ویژگی های پاتوژن است که در برابر گرما مقاوم نیست، با دمای مناسب و زمان عایق، همه آنها را از بین ببرد. با این حال، پس از پاستریزاسیون، بخش کوچکی از باکتری ها یا باکتری های بی ضرر یا مفید، مقاوم تر در برابر گرما، باقی مانده است.