معمولاً در میکروسکوپ های مختلف استفاده می شود تا مردم را قادر به مشاهده پدیده های مختلف فلورسنت کند. میکروسکوپ‌هایی که معمولاً از فیلترها استفاده می‌شوند عبارتند از میکروسکوپ فلورسنت، لیزر، میکروسکوپ فلورسنت همتمرکزی اسکن (LSCM)، میکروسکوپ همتمرکزی و میکروسکوپ فلورسنت بازتاب کامل داخلی (TIRFM). به طور عمده در زمینه علوم زندگی و پزشکی زیست شناسی استفاده می شود، نقش اصلی در جداسازی و انتخاب مواد در سیستم های تجزیه و تحلیل آزمایش فلوروسنت زیست شناسی است که طیف موج مشخصی نور تحریک و انتشار فلوروسنت است.